Желудочная кислота Брандлфлая была сделана из меда, яиц и молока.

Первоначально планировалось, что фильм снимет Тим Бартон. А роль Брандла прочили Майклу Китону.

К работе над фильмом приступал режиссер Роберт Бирман, потому что Кроненберга наняли для работы над боевиком «Вспомнить все». Но Бирман выбыл из проекта после трагической гибели одного из членов его семьи. Режиссер посчитал, что не сможет работать над таким мрачным фильмом. Поэтому Кроненберг полюбовно расторг контракт с продюсером Дино Де Ларуентисом и взялся за «Муху».

Одним из продюсеров фильма был Мел Брукс. Но он не хотел, чтоб его фамилия мелькала в титрах такого жуткого фильма.

Фильм создан по одноимённому рассказу французского писателя Жоржа Ланжелана (George Langelaan) и является «римейком» одноименного фильма 1958 года режиссёра Курта Ньюмана (Kurt Neumann).

Джеффа Голдблума в сценах, где он превращался в муху, перед съёмками гримировали в течение пяти часов, а гримеры из «Chris Walas, Inc.» перед началом съемок картины изучили массу иллюстрированных книг по различным болезням.

Первоначальный сценарий написал Чарльз Эдвард Поуг (Charles Edward Pogue), а когда режиссёром наняли Дэвида Кроненберга, он существенно переделал сценарий, изменив характеры героев, их имена и некоторые диалоги. Но основная сюжетная линия осталась неизменной.